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BioPHP: PHP für Bioinformatik

Zuletzt aktualisiert: 11.Juni 2003 (Mittwoch)

Wilkommen

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Sie haben die neue Webseiten des Projekts BioPHP erreicht. Dieses Projekt das ich letzten Februar mit dem Namen GenePHP begonnen habe hat das Ziel die Programmiersprache PHP so zu erweitern damit sie für Biologie generell und insbesondere für die Bioinformatik verwendet werden kann. Seitdem hat das Projekt 10 neue Mitglieder und mindestens 6.000 Programmzeilen produziert. Unter anderen Besonderheiten ist: der Code kann die Dateien von Genbank und Swissprot lesen. Dieses Projekt wird bald in das neue Domain www.biophp.net umziehen und arbeitet zusammen mit anderen Gruppen mit ähnlichen Fachrichtung.

Das Project wurde nach BioPHP Projekt: PHP für Bioinformatik umbennant. Wir haben Rückmeldungen von Leuten (Mitglieder und nicht-Mitglieder) erhalten dass der Name "GenePHP" die falsche Idee weckt es sei nur in das Thema über "genes" (Erbgut) eingeschränkt. Nach einigen Beratungsrunden habe ich mich für die Namensänderung entschieden.

Das Projekt ist noch (und bleibt immer noch) eine Arbeit in der Entwicklung. Wir bauen gerade ein Model für biologische Daten die innerhalb des Projektsumfang liegen. Es wird auch daran gearbeitet ein Code zu schreiben der andere Dateien wie z.B. Kegg Ligand und Biopathways, Prosite, und PDB lesen kann. Wir möchten Leute dazu ermutigen mit uns zusammen zu arbeiten und dem Projekt dazu beizutragen. Zum Schluss möchte ich mich an alle Mitglieder und an meine Freunde von Poltergeist für ihre Arbeit, Bemühungen, und Unterstützung bedanken.

Sergio E. Gregorio, Jr.
Projektleiter

[ Ziele des Projekts ] [ Was kann BioPHP? ] [ Dateien für BioPHP ] [ Relevant Links ] [ Mein Lebenslauf ]

Was gibt es Neues?

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Zusätzliche Webseite für bekannte Bugs in BioPHP 1.0 (11. Juni, 2003)

Der Rest der unten aufgeführten Aktualisierungen befinden sich in der I/O Skripten-Seiten:

GenBank Parser Script: Neues Modul zur Erzeugung von XML Code für die "GenBank" Daten. (10. Juni, 2003)
GenBank Parser Script: Neues Modul zur Erzeugung von SQL Code der die vorbereitete DNS Daten von Genbank in die Demo-Datenbank speichert. (9. Juni, 2003)
Aktualisierung bzw. Erweiterung des "Parser" für das Entrez-Genom. Ausser "FEATURES" werden jetzt alle Datenfelder verarbeitet. (9. Juni, 2003)
Neue "Parser" Skripten für PRF, PDBSTR, und Unigene dded parser scripts for PRF, PDBSTR, and Unigene (8. Juni, 2003)
Neue "Parser" Skripten für BLOCKS, PRODOM, Mutante Eiweiss Datenbanken (PMD) (7. Juni, 2003)
Zusatzmodul für das Swissprot-parser Skript (DBGet) zum Rückholen von gelöschten Daten. (6. Juni, 2003)
Zusatzmodul zum Schreiben von Kegg-Reaktion Daten. (5. Juni, 2003)
Zusätzliche "Parser" für AAIndex, EPD Promoters, Transfac Binding Sites/Factor Tabellen/Zellen Dateien, Kegg Ligand Datenbank, Prosite, Swissprot, GenBank, PDB, und mehr! (4. Juni, 2003)

Was ist Bioinformatik?

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Die Bioinformatik ist...

die Anwendung von Informatik zur Verwaltung von (in der Regel riesige Sätze) biologische Information wie z.B. DNS, RNS und Eiweiss-muster und deren Struktur.
fokussiert auf Datenverwaltung (Entwicklung von Datenbanken, Schnittstellen, und Werkzeuge zum Abfragen der Daten) und "Data-mining" (Werkzeuge zur Erkennung von bestimmten Mustern in der biologischen Daten).
ein Teil von "rechnerische Biologie", die Anwendung von quantitativen Methoden und Techniken zur modelierung von biologischen Systemen wie z.B. Simulation von biochemische und zelluläre Vorgänge, molekuläre Bewegungsmuster, und deren Interaktionen, u.s.w.
interdiziplinär und leiht sehr vieles aus den Fächern Mathematik, Informatik, Sprachwissenschaft, usw. aus.
ein wertvolles Werkzeug für die Forschung da es "Hinweise" erzeugt bzw. hypothetisiert dass es experimentell überprüft werden kann.

Was ist PHP?

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PHP ist...

ein in HTML eingebettete Programmiersprache die auf dem Server verarbeitet wird (nicht so wie Javascript das auf der Browser-Seite läuft).
kann das was alle andere CGI Programme können, nämlich, Formulare verarbeiten, dynamische Seiteninhalte generieren, Cookies versenden bzw. empfangen, usw.
unterstützt eine breite Palette von Datenbanken
relativ einfach im Vergleich zu z.B. Perl bzw. Java.
kann mit anderen Systemen über Protokollen wie z.B. IMAP, SNMP, NNTP, POP3, HTTP, usw. "sprechen"
hat eine breite Anwenderbasis und aktive Entwicklergemeinde
in http://www.php.net/ (offizielle Webseite).

Ziele des Projekts

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Das BioPHP Projekt ist ein "nicht-Profit", "Open-Source" Softwareprojekt dessen Ziel ist es die PHP Programmiersprache so zu erweitern damit sie zur Entwicklung von Anwendungen für die Bioinformatik angewendet werden kann. Das BioPHP selbst ist KEINE Anwendung zur Bioinformatik. Es ist lediglich eine Sammlung von Werkzeugen womit Entwickler Anwendungen für die BioInformatik schneller schreiben können.

Mitglieder des Projekts

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Projektleitung: Serge Gregorio, Jr.
Entwickler/Admin:
    Elpidio Latorilla, Deutschland
    Frankie A., Deutschland
    Greg Tyrell, New South Wales, Australien
    Katherine Lindner, New England
    Nico Stuurman, Kalifornien, USA
    Rogelio Nocom, Manila, Philippinen
    Sean Clark, Idaho, USA
    Serge Gregorio, Jr., Manila, Philippinen
Berater (Biologie):
    Manny Libongco, M.D., Manila, Philippinen
    Brandon King, USA
Berater (Bioinformatik):
    Allan Sioson, Virginia, USA
Qualitätssicherung:
    Joel Ramos, CPA, Manila, Philippinen

Für mehr Info über das Projekt bitte hier anklicken.

Was kann BioPHP?

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Bevor wir diese Frage antworten, hilft es uns weiter wenn wir die Frage "Was will BioPHP?" stellen. Unserer Vorstellung nach ist BioPHP in erster Linie ein Werkzeug zur Entwicklung von web-basierten Anwendungen für BioInformatik. Obwohl PHP kann dazu genutzt werden nicht-web-basierte Programme zu schreiben, sind wir der Meinung dass PHP's Stärke im Web liegt. Wir stellen uns die BioPHP als eine Art "Bindematerial" vor das sowohl lokale als auch ferne Anwendungen und Datenbanken für Bioinformatik zusammenbindet. Die Grafik BioPHP's Place in the Universe zeigt diese Vorstellung.

Nun zurück zu dem was BioPHP momentan kann. Hier ist eine kurze Liste von der Fähigkeiten von BioPHP (GenePHP) release 1.0:

Lesen von biologischen Daten auf GenBank, Swissprot, Fasta, und Clustal ALN Format
lässt der Benutzer über mehrere "einfache" Dateien nach Daten navigieren
kann einfache Muster-Analyse Aufgaben erledigen wie z.B.Ausrechnen von Molekulargewicht, Übersetzen von Codons auf Amino-Überreste, Erzeugung von "charge", "chemgrp", "consensus strings", usw.
kann nach Sequenzmuster suchen wie z.b. "Start-" und "Stop-Codons", "Spiegel" und "Palindrome", und andere komplexe Muster (als reguläre Ausdrücke representiert).
kann ein Sequenz von Nuklei verarbeiten mit Hilfe von einem oder mehr "Begrenzungs-" Enzyme bzw. Endonukleanen.
hat eine Schnittstelle zu externen Programmen wie z.B. Clustal um zwei oder mehr Nuklei bzw. Eiweiss Sequenzen in der Reihe zu bringen.

Sie möchten den ersten Entwürfe für BioPHP sehen.

Zu der Frage "Warum BioPHP bauen wenn es schon BioPerl, BioJava, BioPython gibt?". Unsere Antwort auf diese Frage ist auch eine Frage: "Warum haben wir PHP wenn es schon Perl, Java, Python, usw. gibt?", bzw. "Warum können wir einfach keine EINZIGE Programmiersprache haben?". Wenn sie die Antwort auf diese Frage haben, lassen Sie mir bitte Beschied wissen.

Die Dateien von BioPHP

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BioPHP (GenePHP) 1.0 wurde entwickelt bzw. getestet auf ein PC unter Windows 98, Apache 1.3.20, und PHP 4.0.6. Es sollte auf Unix/Linux Systemen problemlos laufen.

Version 1.0 code wurde gänzlich von Serge Gregorio, Jr. geschrieben.

BioPHP (GenePHP) 1.0 Source Code:

Um den Code online zu sehen bitte das

Icon anklicken.

	seq.php - (Kürzel für "Sequence") beinhaltet Code für die Seq Class.
	seqdb.php - (Kürzel für "Sequence Database") beinhaltet Code für die SeqDB Class.
	resten.php - (Kürzel für "Restriction Enzyme") beinhaltet Code für die RestEn Class.
	seqalign.php - (Kürzel für "sequence alignment") beinhaltet Code für die SeqAlign Class.
	etc.php - (Kürzel für "et cetera") beinhaltet extra Code

Sie können die Quelldateien aus Sourceforge's Download-Seiten herunterladen

BioPHP (GenePHP) 1.0 Dokumentation:

BioPHP Online Technische Referenz

BioPHP Wie - Installation und Schnell-Start

Der Source-Code von BioPHP ist mit GNU General Public License (GPL) Version 2 lizenziert.

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Übersetzung auf Deutsch: Elpidio Latorilla (2003-06-14)