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BioPHP: PHP para Biocomputing

Último updated: Junho 8, 2003 (Domingo)

Mensagem Bem-vinda

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Você alcançou o website do projeto de BioPHP. O projeto começou último fevereiro 2003 sob o GenePHP conhecido . Aponta estender a língua scripting de PHP assim que pode ser usado para a biologia e o bioinformatics. Desde então, o projeto atraiu 10 membros, e produziu 7.000 linhas do código de computador. Pode ler arquivos de dados de de GenBank e de Swissprot . Este projeto relocate logo a www.biophp.net .

O projeto foi rebatizado ao projeto de BioPHP: PHP para Biocomputing. Os povos dizem o GenePHP " conhecido " dão a idéia errada que o projeto está limitado ao genetics. Após algum consultation, eu decidi-me mudar o nome do projeto.

O projeto é ainda um trabalho em andamento. Nós estamos construindo atualmente um modelo para os dados biológicos que caem dentro do espaço do projeto. O trabalho deve também underway escrever o código que pode ler outras limas tais como o Kegg Ligand e Biopathways, Prosite, e PDB. Nós gostaríamos de incentivar povos juntar e contribuir ao projeto. Sua contribuição podia estar no lado computando ou no lado da biologia. Finalmente, eu gostaria de agradecer todos os membros para seus esforços e meus amigos para seu incentivo.

Sergio E. Gregorio, Jr.
Líder De Projeto

[ objetivo do projecto ] [ o que a lata BioPHP? ] [ Limas De BioPHP ] [ Várias Ligações ] [ Meu Resumo ]

Que É Novo?

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Programa adicionado de PHP para o PRF, o PDBSTR, e o Unigene (junho 8, 2003)
Programa adicionado de PHP para BLOCOS, PRODOM, e PMD (junho 7, 2003)
Adicionou um módulo para buscar dados (Swissprot) remotamente (junho 6, 2003)
Adicionou um módulo do escritor para registros da reação de Kegg. (junho 5, 2003)
Certificados de Demo adicionados -- parsers para AAIndex, promoters de EPD, Transfac que liga limas de Sites/Factor Tables/Cell, base de dados de Kegg Ligand, Prosite, Swissprot, GenBank, PDB, e muito mais! (junho 4, 2003)
Nós temos um logo novo e uma aparência nova! Algumas páginas estão sob a construção. Por favor urso com nós. (maio 18, 2003)
Adicionou uma tabela do status do projeto para seguir o trabalho e as contribuições de membros do projeto. (maio 15, 2003)

Que é Bioinformatics?

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Bioinformatics é...

a aplicação da tecnologia de informação (ELE) à gerência (jogos geralmente grandes de) da informação biológica, tal como o DNA, o RNA, e a seqüência da proteína e dados estruturais.
focalizado na gerência de informação (desenvolvimento de bases de dados biológicas, de relações do DB, e de ferramentas da pergunta) e na mineração dos dados (ferramentas para a deteção dos testes padrões em dados biológicos).
um subconjunto " da biologia computacional, " que é o uso de métodos e de técnicas quantitative em modelar sistemas biológicos, por exemplo simulação de processos biochemical e celulares, de movimentos molecular e de interações, etc..
interdisciplinary e empréstimos pesadamente do campo da matemática, da informática de, da lingüistica, etc..
uma ferramenta valiosa da pesquisa porque gera " as ligações " ou as hipóteses que podem então ser testadas experimental.

Que é PHP?

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PHP é...

uma língua scripting HTML-encaixada usuário-lado (ao contrário do Javascript que é funcionado " no cliente-lado ").
capaz de fazer qualquer coisa que todo o outro programa do cgi pode fazer, como colete dados do formulário, gere o índice dinâmico da página, emita e receba bolinhos, etc..
sabido para sua sustentação para uma escala larga das bases de dados.
relativamente simples e fácil usar-se (quando comparado por exemplo ao Perl ou ao Java).
capaz " de falar " a outros serviços usando protocolos tais como IMPA, SNMP, NNTP, POP3, HTTP, etc..
tem uma base grande da instalação e uma comunidade vibrant do colaborador.
localizado em www.php.net (Home Page oficial) .

Objetivo Do Projeto

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O projeto de BioPHP é um projeto non-profit, aberto do software da fonte que os alvos para o estender a língua scripting assim que PHP possam ser usados desenvolver aplicações do bioinformatics. BioPHP não é uma aplicação do bioinformatics. Rather, é uma coleção das ferramentas para ajudar a colaboradores de PHP escrever mais ràpidamente aplicações do bioinformatics do que se tiverem que partir do risco usando uma versão lisa de PHP.

Membros Do Projeto

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Administrador Do Projeto: Serge Gregorio, Jr.
Developers/Admin:
     Serge Gregorio, Jr. , Ateneo de Manila Universidade
     Nico Stuurman , Membro, Projeto Científico Da Base de dados Da Imagem (SIDB) , Projeto De PhpLabWare
     Sean Clark, Idaho, biophp.bioinformatics.org
     Rogelio Nocom , Ásia Aliou Tecnologias
     Elpidio Latorilla, Líder De Projeto, Cuidado 2x
    Frankie A., Germany
Consultante Da Biologia:
     Manny Libongco, M.D. I.M. - Hematology, Centro Médico Do leste De Manila
     Rei de Brandon , Genomics e consultante de Python
Conselheiro De Bioinformatics:
     Allan Sioson , Tech De Virgínia
Garantia De Qualidade:
     Joel Ramos, CPA, universidade das Filipinas - Diliman

Estale aqui para mais informação no projeto.

Que pode BioPHP fazer?

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Antes de responder a esta pergunta, é melhor pedir, " o que é BioPHP significado fazer? " BioPHP, como nós conceived o, é primeiramente uma ferramenta para desenvolver aplicações correia-baseadas do bioinformatics. Quando PHP puder ser usado escrever certificados da non-correia fotorreceptora, nós acreditamos mentiras da força de PHP na correia fotorreceptora. Nós envision BioPHP para ser " a COLAGEM " que liga aplicações e as bases de dados locais e remotas do bioinformatics junto. A figura intitulada lugar de BioPHP no universo ilustra esta.

Para trás a o que pode fazer neste momento. Abaixo está uma lista curta das características da liberação 1,0 de BioPHP (GenePHP):

leia dados biológicos no GenBank, Swissprot, Fasta, e Clustal ALN formata
permite que o usuário navigate os dados espalhados através de diversas limas lisas.
pode fazer tarefas simples da análise da seqüência tais como computar pesos molecular, traduzindo codons aos amino resíduos, gerar a carga, o chemgrp, as cordas do consenso, etc..
pode procurar testes padrões nas seqüências tais como codons do começo e do batente, espelhos e palindromes, e outros testes padrões mais complexos (representados como expressões regulares).
pode digerir uma seqüência nucleic usando um ou o mais enzymes ou endonucleases da limitação.
podem conectarar com os programas externos tais como Clustal, para alinhar dois ou seqüências das mais nucleic ou proteínas

Você pode querer fazer exame de um olhar em um projeto preliminar para BioPHP .

À pergunta, " por que configuração BioPHP quando houver BioPerl, BioJava, BioPython, etc.? " Nossa resposta a esta pergunta é uma outra pergunta, " por que tem PHP no primeiro lugar quando há Perl, Java, Python, etc.? ", ou " porque não podemos nós apenas ter UMA língua de programação universal? " Quando você have.got uma resposta a estas perguntas, deixe-me por favor saber .

As Limas De BioPHP

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BioPHP (GenePHP) 1,0 foi desenvolvido e testado em Windows 98 running do PC, em Apache 1,3,20, e em PHP 4,0,6. Deve trabalhar em Unix demasiado.

O código da versão 1,0 foi escrito inteiramente por Serge Gregorio, Jr. A versão seguinte incluirá contribuições de outros membros.

Código De Fonte 1,0 De BioPHP (GenePHP):

Estale sobre

o ícone para ver em linha o código de fonte.

	seq.php - (abreviatura para " a seqüência ") contem o código para a classe seq.
	seqdb.php - (abbreviaton para " a base de dados da seqüência ") contem o código para a classe de SeqDB.
	resten.php - (abreviatura para " o enzyme da limitação ") contem o código para a classe de RestEn.
	seqalign.php - (abreviatura para " o alinhamento da seqüência ") contem o código para a classe de SeqAlign.
	etc.php - (abreviatura para " et cetera ") contem o código variado

Você pode download o código de fonte da página do download de Sourceforge .

Documentação 1,0 De BioPHP (GenePHP):

Referência Técnica Em linha De BioPHP

BioPHP como a - instalação e Quickstart

O código de fonte de BioPHP é coberto pela versão 2 da licença do general público de GNU (GPL) .

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